Cercasi plug-in medico su misura :-P

Domandate qui se non riuscite ad installare i filtri o gli script, oppure se avete problemi legati alla creazione e modifica dei filtri. Qui si pongono le domande più tecniche.
romolito
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Cercasi plug-in medico su misura :-P

Messaggio da romolito » mer 24 mag 2006, 1:01

Lo ammetto, sono niubbo.
Anzi, stranubbio!!! Non ho mai usato GIMP ne Photoshop, ma solo qualche volta Macromedia Fireworks (che per le mie esigenze era più che sufficente).

Per motivi di tesi (studio medicina) misuro vertebre tramite acquisizioni di lastre (dette anche morfometrie vertebrali). Per motivi di "povertà" la mia università ("Sapienza" di Roma) mi ha dato uno scanner per lastre mooooolto ciofecoso e le acquisizioni non sono un granchè. Sicuramente un buon programma di fotoritocco (come dicono sia GIMP) mi aiuterebbe molto ma, aimè, il programma per la misurazione delle vertebre consegnatomi è ciofeca almeno il doppio dello scanner e non riconosce file che non siano acquisiti tramite lui (ovviamente per una questione di soldi e diritti!).

Sto programmino funziona così:
-acquisizione file (e suo salvataggio)

-funzione di bacchetta magica sulla lastra acquisita

-individuazione dei sei punti che delimitano ogni vertebra (visti di lato i corpi vertebrali hanno l'aspetto di rettangoli schiacciati al centro. Quindi i 6 punti delimitano l'altezza posteriore, media e anteriore della vertebra)

-misurazione in millimetri delle 3 altezze

-salvataggio dei dati di ogni vertebra su un file .mdb

In effetti tutte queste funzioni in automatico sono altamente imprecise e quindi, alla fine, bisogna sempre rimettere apposto i punti a mano impiegando più del doppio del tempo che se si facesse sin da subito tutto da soli.
So che Photoshop permette di misurare la lunghezza in mm di una linea tracciata su di una immagine in scala 1:1, quindi non credo che GIMP abbia problemi a farlo (visto che a sentire tutti è mille volte meglio dei prodotti ADOBE).

Quello che chiedo è se fosse possibile creare un plug-in che, una volta avviato, alla pressione di un tasto particolare...

0) acquisisca l'immagine dallo scanner (che funziona come un normale scanner piano, solo che ha la lampada sul coperchio invece che sotto affianco al "lettore")

1) salvi la lunghezza di una linea non appena tracciata (magari sulla prima cella di Openoffice, o su un file CSV, o su un database)

2) la cancelli automaticamente (ma anche no: magari si può mettere come preferenza), ma assolutamente non cancelli la misurazione appena effettuata

3) sia automaticamente pronto per tracciare una nuova linea

4) salvi automaticamente la nuova misurazione nella seconda cella, ma nella stessa riga del foglio (o su un'altra voce del database)

5) e così via dal punto 2 fino a che non si apre un nuovo file e il plug-in, automaticamente, inizia a salvare le misure delle linee di questa nuova lastra dalla seconda righa dello stesso file OOo o CSV o database

Ovviamente, poi, tale plug-in si potrebbe migliorare ancora, magari facendogli automaticamente salvare il file immagine così creato, oppure salvando sul file OOo o CSV il nome del file aperto ogni volta, nella prima cella della riga (in modo che non ci si sbaglia quando si vanno a ricontrollare i dati), e mille altre features.

Come ovvio sono totalmente a bocca asciutta di informatica quindi ogni aiuto è ben accetto...

Vorrei, inoltre, far notare che tale software sarebbe una mano santa per milioni di radiologi nel mondo e per milioni di pazienti osteoporotici o con mal di schiena: ricordo infatti che la legge italiana prevede un rimborso totale per le medicine contro l'osteoporosi in caso di una riduzione di una delle 3 altezze vertebrali superiore al 15% rispetto a quella delle altre due (nota AIFA 79)...

Grazie raga, e se ho sbagliato a postare qui ditemi dove posso mandare questa richiesta con la speranza che venga esaudita

Romolito


:idea:

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Messaggio da PhotoComix » mer 24 mag 2006, 4:29

:( mostruoso attrezzature cosi care che funzionano cosi...conosco uno sanissimo che sostiene di essersi beccato una pensione di invalidita permanente incollandosi microstriscioline di stagnola sulle vertebre prima delle lastre...ora comincio a credergli :!:

TORNANDO AL PUNTO


c'è un plugin chesi chiama FOVEA PRO e serve per ogni tipo di misurazioni scentifiche di ogni tipo e dovrebbe essere adattabile al tuo scopo
Costa...ma a richiesta puoi usarlo gratis per un mese http://www.reindeers.com

E ottimizzato per photoshop ma con un coso che si chiama pspi.exe funziona bene pure in gimp

però mi preoccupa che sei completamente a digiuno di informatica

...voglio dire anche gimp da solo credo possa essere programmato a fare quasi tutto quello che ti serve
(per ogni linea misurata un livello numerato progressivamente e salvato ..) però pure ammettendo di trovare qualcuno in grado di crearti un plugin adatto poi dovresti essere te a impostare i setting ... e per farlo dovresti per forza capire qualcosa di gimp
Ultima modifica di PhotoComix il mer 24 mag 2006, 4:41, modificato 1 volta in totale.

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Messaggio da N1C0 » mer 24 mag 2006, 4:35

Caro Romolito,
Non svilirti definendoti "niubbo". Un bravo medico è senz'altro più utile di un bravo informatico, e l'impegno che dedichi ai tuoi studi ti esime senz'altro dall'obbligo di profonde ulteriori conoscenze in altri campi.

So che quantoi dirò potrebbe angustiarti, ma non ti abbattere da subito, dopotutto sono solo un principiante col GIMP, potrei sbagliare.

Dunque, come sai GIMP è un semplice programma di grafica e fotoritocco. Non e dotato di funzioni OVR (Optical Vertebral Recognition) - o cmq si chiami una tale funzione. In breve, il povero GIMP non distingue una vertebra da una rotula, e dubito che ci sia il modo di fargli tracciare linee nei punti giusti di una lastra, soprattutto automaticamente.

Per ciò che riguarda le misurazioni poi, mi sembra alquanto impreciso se si usano unità di misura aritmetiche, ma forse sono io che ne interpreto male il comportamento. Dovro approfondire.
Anche per quel che riguarda acquisizione ed esportazione di stime numeriche in un database mi sa che non ci siamo.

In definitiva non credo si possa creare un plug-in che permetta a GIMP di fare tutte le cose che chiedi, automaticamente o no.
Credo che per ottenere simili prestazioni occorra affidarsi ad hardware e software specialistici aggiornati che sicuramente esistono, e altrettanto sicuramente costano un pacco di soldi. Il povero GIMP aggratis fa quel che può.

Ovviamente spero per il bene di tutti i radiologi e dell'umanità di essere smentito da un qualche volenteroso Mastro Gimper in grado di implememtare in GIMP tali utilissime features e mille altre.

Ciao e in bocca al lupo per la tesi.

Nico

PS: avevo diverse finestre aperte, e più d'una sul forum. Ho inviato la risposta senza aver visto la replica di fotocomics che fa ben sperare.

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Messaggio da romolito » mer 24 mag 2006, 9:45

Grazie ragazzi per la celere risposta.

In realtà, pur avendo scritto molto, sono riuscito a farmi fraintendere.

L'idea del plug-in non è quella di rendere automatico il processo, perchè tanto so per esperienza personale che il computer è scemo quanto almeno la metà dei miei colleghi ( :-P ) e che, cmq, per mettere bene i famosi 6 punti su una vertebra ci vuole un minimo di training e di buon senso (cosa che manca completamente a un PC).

L'idea era quella di "fare un passo indietro", di rendere, cioè, il sistema non più automatico (o semiautomatico com'è nella realtà dei fatti), ma completamente MANUALE.

Uno si carica la lastra su GIMP (come file grafico o come acquisizione da scanner)
Si prende lo strumento "linea" e traccia la linea che indica l'altezza della prima vertebra dal basso (che è sempre L4, ovvero Lombare 4)
E qui entra in gioco il plug-in che, una volta avviato e schiacciato un tasto, servirebbe solo per registrare la misurazione della linea e per salvarla in un file database utilizzabile per calcoli e fini statistici.
A questo punto si procede con la seconda linea, e così via fino a T4 (ovvero Toracica 4. In tutto 12 vertebre in pratica).

Non so come funziona esattamente GIMP e se questa cosa è fattibile tramite Plug-In, ma ora provo il programma che mi avete suggerito per Photoshop e, magari si pò lavorare su un progetto analogo, magari mirato in quel senso.

p.s.= il sito corretto del plugin Fovea è http://www.reindeergraphics.com

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Messaggio da Lazza » mer 24 mag 2006, 12:44

Se vuoi qualcosa di manuale, allora non ti serve un plug-in. Una volta aperto il file usi il misurino e leggi la misura (di solito la fa in pixel ma credo si possa cambiare) e poi la digiti in un file di Calc o di Base se preferisci...

romolito
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Messaggio da romolito » mer 24 mag 2006, 13:36

Beh, la misurazione manuale ok, ma speravo di rendere automatico il procedimento

-leggi numerino
-apri file Calc
-scegli cella corretta
-scrivi numerino

In pratica il pluggino servirebbe a fare solo questo.

Ho visto, poi, il plug-in Fovea 4... è mostruoso. Ci ho giochicchiato un'oretta e non ho visto che un paio di funzioni. Molto interessante...

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Messaggio da PhotoComix » mer 24 mag 2006, 14:34

la traduzione in linguaggio "gimp " di quello che vuoi fare mi sembra sia


1 partire da un immagine scannerizzata (nessun problema)

e FORSE (potrebbe essere superfluo con una buona lastra)

2 evidenziare il piu possibile i contorni delle vertebre (nessun problema,)

ed entrando nel vivo del problema la routine sarebbe:

1) apri l'immagine e la duplichi su nuovi livelli (56 =1 livello per ogni vertebra o 336 =1 per ogni misura,
2 misuri sul nuovo livello 1 vertebra (prendi le puoi usare colori diversi per ogni linea )cosa facile e veloce
3blocchi il livello 1(cosi non lo modifichi accidentalmente)
4apri il livello 2 e ripeti

(nota bene:In gimp a ogni livello viene assegnato un numero progressivo e rimane allineato o facilmente allineabile)
5 tenendo aperto oltre a gimp anche il bloc notes o qualcosa tipo excel ma piu leggero puoi incollarci di volta in volta le misure

i passi 1 3 4 e credo anche 5 dovrebbero essere facilmente automatizzabili ...

in termini forse piu comprensibili ,se ho capito bene , in pratica ti serve un semplice script che dovrebbe

duplicare ogni immagine su 56 livelli,lasciandoli impilati in ordine e numerati in modo progressivo

salvarli dopo la misurazione uno alla volta con un nome e un numero progressivo nello stesso ordine
(tipo vertebraRossi1,vertebra Rossi2 etc)

se possibile incollare le singole misure (non le immagini ma i numeri )
su un foglio virtuale piu o meno cosi

Vertebra rossi 1 a 11,5 b 12,3 c13,1 d 10,4 e 9,8 f 11,2 (i numeri li ho messi a casaccio rappresentano le 6 misure di ogni vertebra le lettere ovviamente rappresentano altezza larghezza e cosi via)

se è cosi credo che realizzare uno script simile non sia impossibile ,anzi...certo,io non sono ancora in grado di farlo ... ma credo basterebbe un piccolo stimolo per spingere qualcuno a crearlo

Fammi sapere se questa volta ho indovinato quello che ti serve cosi vediamo se riusciamo a darlo , il piccolo stimolo
Ultima modifica di PhotoComix il mer 24 mag 2006, 14:43, modificato 4 volte in totale.

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Messaggio da yume » mer 24 mag 2006, 14:35

Sposto la discussione in "script-fu e programmazione" :wink:

Nessuno sa. Nessuno se ne cura.
Mi hanno preso tutto ciò che avevo
(Hoshizora - L'Arc~en~Ciel)
La mia voce sta raggiungendo il cielo
farei qualsiasi cosa per salvare questa vita
prendimi invece
Ah, Dio dammi la morte
(Hyde - Jesus Christ)

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Messaggio da romolito » mer 24 mag 2006, 15:36

Ottimo punto di partenza!!!

Allora se ho capito come funziona GIMP questo dovrebbe essere il ""flow chart":

1) acquisire immagine da scanner (o da file) (lo fa già ora!)

2) aggiungere automaticamente 39 livelli vuoti (13 vertebre x 3 altezze ciascuna) (da implementare)

3) nominare ogni livello secondo uno schema quale ad esempio "num.vertebra+tipo altezza" (da implementare)

4) posizionarsi sul livello più basso denominato come "L4P" (ovvero "Vertebra Lombare 4 + altezza posteriore" che è la vertebra da cui si parte solitamente) con l'oggetto riga e la misurazione in mm (da implementare)

5) tracciata la riga che corrisponde all'altezza posteriore fare le seguenti cose:
- dopo aver spinto una combinazione di tasti (o un pulsante creato per l'occasione) salvare la misura su una cella di CALC, EXCEL, o file simile (da implementare)
- passare al livello superiore successivo, ovvero in questo caso "L4M" (Lombare 4 altezza mediana) (da implementare). Questo passaggio non dovrebbe, inoltre, modificare eventuali misure gia effettuate. Mi spiego: se io, arrivato all' altezza mediana della quarta vertebra (mettiamo "L1M") mi accorgo che, in effetti, la misurazione che ho gia fatto dell' altezza anteriore della terza (ovvero "L2A") non è poi così perfetta, posso tornare sul livello L2A e modificare il valore, sovrascriverlo a quello precedente, e non modificare la misurazione di L1M.

6) file chiuso e salvato (magari come PNG che permette successive modifiche senza compromissione del file originale) (da implementare)

7) aperto nuovo file il plug-in riconosce questa operazione e scrive i nuovi dati sulla riga successiva del file CALC o roba del genere(da implementare)

ci siamo capiti?
Vi allego una immagine tipica radiologica con le spiegazioni "tecniche"
[img]http://img54.imageshack.us/img54/781/fr ... 2bs.th.jpg[/img]

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Messaggio da PhotoComix » mer 24 mag 2006, 17:35

:!:
Ultima modifica di PhotoComix il mer 24 mag 2006, 19:01, modificato 2 volte in totale.

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Messaggio da PhotoComix » mer 24 mag 2006, 17:40

aggiungere automaticamente 39 livelli vuoti (13 vertebre x 3 altezze ciascuna) (da implementare)
perche vuoti io pensavo che ognuno fosse un duplicato dell'originale 1:1 ognuno sarebbe modificato

evidenziando 1 vertebra (temo da fare manualmente ma bastano 2 click)
2 evidenziando le 3 linee (=misure)create per misurare
3 eventualmente sovrapponendo all'immagine una griglia millimetrata 1.1 per facilitare successive eventuali verifiche

ognuno avrebbe gia un numero progressivo sarebbe da aggiungere un nome comune come RossiVertebraLombare .............
RossiVL 1...2 ...fino a 39

fin qui andrebbe bene ?salendo o scendendo una vertebra alla volta come vedi sotto

ImmagineImmagine
ps volendo sarebbe facile aumentare il contrasto come qui sotto nel rettangolo in alto a sinistraImmagine

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Messaggio da romolito » mer 24 mag 2006, 20:26

fotocomics ha scritto:
aggiungere automaticamente 39 livelli vuoti (13 vertebre x 3 altezze ciascuna) (da implementare)
perche vuoti io pensavo che ognuno fosse un duplicato dell'originale 1:1 ognuno sarebbe modificato
il fatto è che credo che con i livelli vuoti si risparmia spazio, no?
fotocomics ha scritto:evidenziando 1 vertebra (temo da fare manualmente ma bastano 2 click)
2 evidenziando le 3 linee (=misure)create per misurare
3 eventualmente sovrapponendo all'immagine una griglia millimetrata 1.1 per facilitare successive eventuali verifiche

ognuno avrebbe gia un numero progressivo sarebbe da aggiungere un nome comune come RossiVertebraLombare .............
RossiVL 1...2 ...fino a 39

fin qui andrebbe bene ?salendo o scendendo una vertebra alla volta come vedi sotto
??? Non ho capito.

La vertebra (o l'altezza o il livello di GIMP) si devono poter selezionare anche a mano, per eventuali successive modifiche e aggiustamenti

Il punto 2 non l'ho capito

Il punto 3 potrebbe essere interessante, ma come vedi le vertebre non hanno un andamento univoco a causa dell'andamento a "S" dela colonna vertebrale, quindi si rischia solo di creare confusione.

Per quanto riguarda le immagini, le tue linee sono troppo "ciccione": rischiano di mangiarsi qualche millimetro, e la cosa non è auspicabile visto che la misura deve essere il più possibile precisa.

CMQ, sei "er più", grazie per l'aiuto che mi stai dando.

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Messaggio da PhotoComix » mer 24 mag 2006, 23:21

dunque le linee che ho fatto non contano, ho fatte a tirarar via quella a destra è perfino troppo lunga..... il punto era il cerchietto (tecnicamente una selezione )che si puo salvare e muovere di vertebra in vertebra per evidenziarle...io l'ho fatto aumentando il contrasto ma è possibile in molti altri modi automatizzandoli (ancora da vedere come...ma so che è possibile)

il punto 2 è quello che hai fatto te nell'immagine postata ...le tre linee sono evidenziate perche rosse su fondo bianco e nero,se fossero bianche nere o grigie non sarebbero evidenziate

Però il mio problema sono proprio le linee ...riguaradano le funzioni "vettoriali" di gimp che non conosco bene e non son molto intuitive e neanche molto avanzate

Devo dirti che per questo mi sta venendo qualche dubbio...visto che le linee sono forse il punto fondamentale (tracciarle con velocita e precisione,poterne ricavare e salvare automaticamente la misura e salvarle attaccate all'immagine o a un simbolo della vertebra corrispondente mi sembra il punto piu essenziale).

ecco ti puo sembrare strano ma mi è molto piu facile con gimp trapiantare la faccia di berlusconi su una velina di striscia la notizia e accovacciarlo sexy e tettuto sul grembo di bill laden piuttosto che tracciare 3 semplicissime linee dritte usando le funzioni vettoriali (che, purtroppo sarebbero quelle da usare)

Voglio dire ho il dubbio che sia molto più facile ottenere buoni risultati partendo da programmi tipo Inkscape o illustrator (vettoriali ,che leggono anche immagini fotografiche) piuttosto che da qualcosa come Gimp o Photoshop (che sono bitmap editor) :roll:

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Messaggio da Lazza » gio 25 mag 2006, 5:08

8O Qui non si tratta di disegnare linee, il punto cruciale è misurare delle lunghezze. Penso sia un po' diverso. Mi sa che a programmare uno script così complicato si perde più tempo che a farlo a mano... :roll:

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Messaggio da johnJ » gio 25 mag 2006, 8:49

ho dato una scorsa rapida e potrei fraintendere, ma mi pare roba da cad... o erro?
giovanni

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